（中期目標管理法人及び国立研究開発法人）
主務大臣は、達成すべき業務運営の目標として、法人ごとに3〜5年の中期目標
（国立研究開発法人の場合は5〜7年の中長期目標）を定め、各法人は、この中（長）期目標に基づいて中（長）期計画及び年度計画を策定し、計画的な業務遂行を行います。主務大臣は、毎年度、法人の業務実績について評価を行います。
また、中（長）期目標期間終了時には、法人の組織・業務全般にわたる見直しが主務大臣により行われます。
（行政執行法人）
主務大臣は、達成すべき業務運営に関する事業年度ごとの年度目標を定め、各法人は、この年度目標に基づいて事業計画を策定し、計画的な業務遂行を行います。主務大臣は、毎年度、法人の業務実績について評価を行います。
また、3〜5年の期間で業務運営の効率化に関する事項の実施状況について主務大臣による評価が行われます。
総務大臣は、主務大臣が独立行政法人の目標策定や業績評価を行う際の政府統一的な指針として、「独立行政法人の目標の策定に関する指針」及び「独立行政法人の評価に関する指針」を定めます。
また、総務省に置かれる独立行政法人評価制度委員会は、政府唯一の第三者機関として、主務大臣の目標策定、業績評価、組織・業務の見直しに対して必要な意見を述べるほか、特に必要と認められる場合には内閣総理大臣に対して意見具申を行うことができます。
