申請がその事務所に到達したときは、遅滞なく審査を開始しなければならず（第7条）、申請により求められた許認可等を拒否する処分をする場合には、原則として、同時にその理由も示さなければなりません（第8条）。
なお、行政庁は、申請により求められた許認可等をするかどうかをその法令の定めに従って判断するために必要とされる具体的基準（審査基準）を設定（第2条・第5条）し、原則として、公にしておかなければならないとともに（第5条第2項）、申請がその事務所に到達してから当該申請に対する処分までに要する標準的な期間を定めるよう努め、定めた場合には公にしておかなければなりません（第6条）。
行政庁は、法令に基づき、特定の者に対し、直接義務を課し、又は権利を制限する処分（不利益処分）を行う場合には、原則として、意見陳述のための手続（聴聞又は弁明の機会の付与）を執らなければなりません（第13条第1項）。また、原則として、不利益処分と同時に理由を示さなければなりません（第14条第1項）。
※参考 聴聞手続の概要
なお、行政庁は、不利益処分をするかどうか又はどのような不利益処分とするかについてその法令の定めに従って判断するために必要とされる具体的な基準（処分基準）を設定し、かつ、これを公にしておくよう努めなければなりません（第12条）。
行政指導に携わる者は、行政指導をする際、行政指導の趣旨、内容及び責任者を相手方に明示し、行政上特別の支障がない限り、相手方の求めに応じて、これらの事項を記載した書面を交付しなければなりません（第35条）。
行政指導に携わる者は、行政指導の内容があくまでも相手方の任意の協力によってのみ実現されるものであることに留意し、相手方が行政指導に従わなかったことを理由とする不利益な取扱い（別の場面で許認可等を行う場合に意図的に差別的な扱いをするなど）をしてはなりません（第32条）。
法令に違反する行為の是正を求める行政指導（その根拠となる規定が法律に置かれているものに限る。）の相手方は、原則として、当該行政指導が当該法律に規定する要件に適合しないと思料するときは、当該行政指導をした行政機関に対し、その旨を申し出て、当該行政指導の中止その他必要な措置をとることを求めることができます（第36条の2）。
命令等制定機関は、命令等（法律に基づく政令、省令及び規則、審査基準、処分基準並びに行政指導指針）を定めようとする場合には、原則として、その案（具体的かつ明確な内容のものであって「命令等の題名」、「命令等を定める根拠法令の条項」が明示されたもの。）及び関連資料を公示し、意見提出先及び意見提出期間（原則として30日以上）を定めて、広く一般の意見を求めなければなりません（第39条）。
命令等制定機関は、意見提出期間内に提出された命令等の案に対する意見を十分考慮しなければなりません（第42条）。また、意見公募手続を実施して命令等を定めた場合には、当該命令等の公布と同時期に「命令等の題名」、「命令等の案の公示日」、「提出意見」及び「提出意見を考慮した結果及びその理由」を公示しなければなりません（第43条）。
