会計検査院は、内閣から独立した立場から、国の収入支出の決算について検査等を行い、国や政府関係機関・独立行政法人等の会計経理を監督し、その適正を期し、かつ、是正を図る機関です。
これに対し総務省行政評価局は、政府部内にあって、国民本位の効果的・効率的な行政の実現を目指して行政評価等を実施し、関係行政の改善等について必要な勧告等を行う機関です。評価を行う対象についても、会計・経理に限らず、広く行政の制度・施策、組織や運営などに及んでいます。
このように、会計検査院と総務省行政評価局との間には、国の組織としての位置付け、目的、検査・評価の対象範囲等について基本的な相違があります。しかし、両者とも国や政府関係機関・独立行政法人等の業務について検査・評価を実施するものであること、両者の活動が共に行政の効率性・有効性等の確保を目的とするものであることから、互いの業務の参考とするため、昭和62年度以降、定期的に連絡会を開催しており、総務省行政評価局から行政評価・監視の結果等、会計検査院から決算検査報告等について説明し、情報交換を行うなど、相互の連携を図っています。
総務省行政評価局と財務省主計局は、互いの業務の参考とするため、総務省行政評価局から行政評価等プログラム、歳出削減、経費の効率化等に関する勧告・改善実績の例等、財務省から予算執行調査等について説明し、情報交換を行うなど、相互の連携を図っています。
